거친 바다를 항해하며 배의 선장으로 지내온 ‘앨리스’는 런던에 돌아와 참석한 연회에서 나비가 된 ‘압솔렘’을 만나게 되고, 거울을 통해 이상한 나라로 돌아가게 된다. 그 곳에서 앨리스는 ‘하얀 여왕’을 만나 위기에 처한 ‘모자 장수’의 얘기를 듣게 되고 ‘시간’의 크로노스피어를 훔쳐 과거로 돌아가 ‘모자 장수’를 구하려고 한다. 한편, 하얀 여왕에 의해 아웃랜드로 추방되었던 ‘붉은 여왕’ 또한 크로노스피어를 호시탐탐 노리고, 앨리스는 ‘붉은 여왕’과 ‘시간’으로부터 벗어나 모자 장수를 구하기 위한 스펙타클한 시간여행을 시작하게 되는데…